연구인력개발비 세액공제 다시 환수 당하는 6가지 이유

각종 연구 개발 또는 인력 개발에 비용을 지출하고 있는 사업자라면, 연구 인력 개발비 세액 공제를 잘 알고 계실 겁니다. 바이오, 기술 기반 제조업은 물론 게임과 같은 문화 산업까지 연구 개발이 필수적인 기업이라면 놓치지 말아야 할 세제 혜택인데요.

직원의 사내 직업 능력 개발 훈련과 관련해 지출한 비용도 공제가 가능합니다. 일단 세액 공제를 받을 수 있는 연구·인력 개발비를 우리도 지출하고 있는 게 맞는지 잘 모르시겠다면, 아래에서 자세한 내용을 확인해 보세요.

👉 <연구 인력 개발비 세액 공제>, 범위부터 공제율까지 간단 총정리

연구 인력 개발비 세액 공제는 정부에서 기업 감세 정책을 펼치면서 지속적으로 확대되는 추세입니다. 또 최저한세의 적용을 받지 않아 법인세 또는 소득세를 0원까지도 줄일 수 있죠. 기업에게 아주 좋은 혜택이지만, 주의해야 할 점이 있습니다.

국세청에서 사전 심사 및 사후 검증을 강화하고 있거든요. 연구소에서는 이와 관련한 다양한 비용이 나가지만, 이 세세한 규정을 하나하나 따지기가 어려워 공제가 되는 줄 알고 불인정 항목까지 신청하는 경우가 많습니다. 오늘은 세이브택스에서 가장 많이 헷갈려하시는 연구 인력 개발비 세액 공제 불인정 항목 6가지를 꼽아 알려드릴게요.

1. 연구원이 연구 외 업무를 해서

연구 인력 개발비는 연구 ‘전담’ 요원을 기본 대상으로 합니다. 만약 연구원이 연구소에 다니면서 연구만 한 게 아니라 다른 일까지 했다면 해당 인력의 인건비에 대한 세액 공제를 받기가 어려워집니다.

만약 연구원이 프로젝트 및 제품 홍보를 다니고, 강연을 하고, 대표 이사의 개인 심부름을 하고, 온오프라인 홍보 자료 제작을 했다면? 이는 겸직에 해당하는데요. 연구원의 겸직은 불공제 대상입니다.

따라서 기업 부설 연구소 소속 전담 연구원이 비연구 활동을 할 경우, 연구 전담 요원이 아니게 됩니다. 따라서 연구 인력 개발비 인건비 세액 공제 대상으로 인정되지 않습니다.

2. 연구원이 대표 이사 또는 연구소장이라서

대표 이사나 연구소장도 연구 과제에 참여하여 함께 연구 활동을 하는 경우가 많습니다. 하지만 대표 이사나 연구소장은 연구 외의 업무 비중도 꽤 크죠. 연구원들을 관리하고, 회사도 관리하며, 대외 업무 등 행정적인 업무를 겸직할 수밖에 없습니다.

연구 개발비의 중요 조건 중 하나는 바로 연구 ‘전담’ 요원이어야 한다는 겁니다. 따라서 연구 전담 인력이 아닌 대표 이사 또는 연구소장의 인건비는 연구 인력 개발비 세액 공제 대상이 될 수 없습니다.

3. 연구원이 10% 넘는 주식을 보유한 주주이자 임원이라서

가장 흔한 사례로 설명해 보겠습니다. A씨는 한 법인 기업의 전담 연구원입니다. 그런데 그는 해당 법인의 주식을 15%가량 보유하고 있는 주주이자 대표 이사이기도 하죠. 그리고 A씨의 아내 B씨도 이 회사에서 연구원으로 일하고 있는데요. B씨는 등기 이사로 올라 있고, 1%의 주식을 갖고 있습니다.

A씨와 B씨는 함께 기업의 연구원으로서 새로운 프로그램을 개발하는 데 적극 공헌했습니다. 회사에서 이 둘에 대한 인건비를 연구·인력 개발비로 인정 받아 세액 공제를 받을 수 있을까요?

A씨와 B씨 모두 세액 공제 대상으로 인정 받을 수 없습니다. 사유는 아래와 같아요.

• A씨 → 해당 연구원이 보유 주식 10%를 초과하는 주주이자 임원이라서 불인정
• B씨 → 해당 연구원이 10% 초과 보유 주주의 특수 관계인이고, 주식이 있으며, 임원이라서 불인정

이 부분은 기준이 조금 헷갈릴 수 있는데요. 주주 및 특수관계인과 관련한 기준을 명확히 정리하면 아래와 같습니다.

❎ 세액 공제 불가능

• 연구원 + 지배 주주
• 연구원 + 10% 초과 주식 보유 주주
• 연구원 + 임원 + 10% 초과 주식 보유 주주
• 연구원 + 임원 + 주식 보유 주주 + 지배 주주 또는 10% 초과 보유 주주 임원의 특수관계인

✅ 세액 공제 가능

• 연구원 + 임원 (주식 미보유)
• 연구원 + 10% 이하 주식 보유 주주
• 연구원 + 임원 + 10% 이하 보유 주주
• 연구원 + 지배 주주 또는 10% 초과 보유 주주의 특수관계인 (임원 X, 주주 X)
• 연구원 + 임원 + 지배 주주 또는 10% 초과 보유 주주의 특수관계인 (주주 X)
• 연구원 + 10% 이하 주식 보유 주주 + 지배 주주 또는 10% 초과 보유 주주의 특수관계인 (임원 X)

4. 단순한 정보 수집·조사 활동만 있어서

‘연구’에는 다양한 과정이 포함됩니다. 그 초반 단계가 바로 연구 프로젝트와 관련된 각종 논문을 찾아 보고, 특허도 찾아 보고, 유사 사례 및 시장 조사를 찾아보는 과정인데요. 연구 기간 동안 지식 습득을 위한 자료 수집만 있는 경우, 정부에서는 연구 개발 활동으로 보지 않습니다.

연구 활동은 그 내용이 연구 목표와 연관성이 있어야 하고, 연구 과정 중 다양한 아이디어 및 개발 방향이 도출되어야 하며, 후속 연구 개발 계획이 존재해야 연구 개발 활동으로 인정 받을 수 있죠.

즉, 정부에서 신규성, 창의성, 불확실성, 체계성을 판단할 수 있는 충분한 내용이 있어야 우리 기업에서 연구 개발을 하고 있다고 인정을 받을 수 있습니다. 이를 바탕으로 인건비 등의 비용을 세액 공제 해달라는 요청을 할 수 있죠.

5. 연구소 등록 이전이라서

기업에서 연구 인력을 채용하여 제품 연구를 지속적으로 진행해 왔다고 하더라도, 기업 부설 연구소를 등록하기 전이라면 공제를 받을 수 없습니다. 기업의 연구원들이 (등록되지 않았지만 별도의 공간에 마련된) 연구소에서 실질적으로 연구를 했다고 말이죠.

따라서, 정부 부처의 인정을 받은 기업 부설 연구소를 등록하기 전에 지출한 연구 비용은 실질적인 연구 여부와 상관 없이 연구 인력 개발비 세액 공제를 받을 수 없습니다.

6. 공제 대상에 해당되지 않는 재료비라서

연구 인력 개발비, 조금 애매하긴 합니다. 세무 전문가가 아닌 이상, 실무에서 느끼기에 ‘연구 활동’과 관련된 비용이면 다 인정 받을 수 있을 것 같은데 의외로 인정되지 않는 비용들이 있는데요. 많이 헷갈려 하시는 부분이 바로 재료비 부분입니다.

이와 관련하여 연구 개발 활동과 관련하여 지출하는 비용이지만, 아쉽게도 공제 대상이 되지 않는 항목을 깔끔하게 정리해 보면 다음과 같습니다.

• 연구 시설 임차료
• 연구에 사용되는 소모품 및 시험용 기기 (ex. 시험용 가위, 보안경, 여과기, 사무용품, 삼각 플라스크, 실린더, 비커 등)
• 특허 실시권 설정 비용

하나하나 확인할 시간이 없다면? 전문가에게 맡기세요

매일매일 연구를 진척시키고 또 현황을 보고 받기도 정신이 없으시죠? 그 와중에 연구와 관련한 비용을 어디까지 공제 받을 수 있는지 하나하나 꼼꼼히 확인하기에는 한계가 있으실 거예요. 오늘 세이브택스의 설명으로 어느 정도의 감을 잡으셨다면 그걸로 충분하지만, 실제로 공제를 받는 과정에서는 또 세세한 조건들이 새로 등장할 수 있어요.

이런 이유로 연구소를 둔 많은 기업들이 세이브택스와 같은 세무 전문 서비스를 찾습니다. 연구에 전념하여 사업 성장에 집중할 수 있기 때문이죠. 세이브택스에서는 단순한 세무 대리만 해드리는 게 아니에요. 기업의 자금을 더 현명하게 운용할 수 있는 세무 컨설팅을 해드립니다. 전문가가 아니면 알 수 없는 적용 가능한 추가적인 공제·감면 혜택이나, 정부 지원금까지 찾아드리죠.

세이브택스와는 빨리 함께할수록 손해가 적습니다. 우리 기업에서 불필요하게 새어나가고 있는 세금은 없는지, 함께 확인해 보세요.